De Tweede Wereldoorlog maakte een eind aan het onderhoud van de oude joodse begraafplaats Zeeburg. Decennia later was het terrein nauwelijks nog als begraafplaats herkenbaar. Sinds 2013-2014 geeft het gerestaureerde deel aan de zuidzijde bij de Valentijnkade een beeld van de oorspronkelijke situatie daar. Vanaf 2019 heeft een vrijwilligersgroep een nog groter deel van het terrein vrijgemaakt van braam en opgeschoten boompjes, dit deel wordt nu regelmatig gemaaid en op bedekt geraakte zerken onderzocht.
Zeeburg, met een omvang van acht hectare, is verdeeld in drie percelen, gescheiden door paden die het Flevopark verbinden met de Indische Buurt. Het grootste perceel is op open dagen toegankelijk via het in 2012 nieuw aangebrachte hek aan de Valentijnkade. Drie stukken, samen zo'n vijf hectare, zijn in de jaren 1956-1957 aan de begraafplaats onttrokken voor de aanleg van de toevoerweg naar de Schellingwouderbrug. De daar begravenen zijn op de joodse begraafplaats in Diemen op een apart veld met een gedenkteken herbegraven. Grafstenen, voor zover die er waren, zijn meeverhuisd en in Diemen herplaatst.
De begraafplaats wordt grotendeels omringd door sloten. Aan de Valentijnkade wordt hij sinds 1925 begrensd door een muur.
De gemeente Amsterdam zorgt voor het maaien van het gerestaureerde terrein plus enkele paden die zicht bieden op de rest van het grote zuidelijke perceel van de begraafplaats. Als tegenprestatie verzorgt Eerherstel elke zomer een reeks open dagen, waarop dit perceel voor het publiek toegankelijk is.
Vanwege de verwildering is het grootste deel van de begraafplaats vrijwel ontoegankelijk. Spontaan heeft het terrein zich ontwikkeld tot een van de waardevolste natuurgebieden van de gemeente Amsterdam binnen de ring. De begraafplaats is rijk aan insecten en aan vogels zoals de bosuil, putter, groene specht, nachtegaal, waterral en rietgors; zoogdieren als vossen, wezels en boommarters weten het terrein te vinden; ringslangen, kikkers, woelmuizen, egels en mollen wonen er. De voormalige Amsterdamse stadsecoloog Martin Melchers noemde de begraafplaats 'de ecologische kurk waar het Flevopark op drijft'. Door de grote mate van rust en het verbod op honden is dit drassige veenlandschap een unieke biotoop geworden.